מבחינה היסטורית, תפקיד הליבה של דגלי פיראט היה כמערכת שלמה של אותות הרתעה ותקיפה. כאשר רודפים אחר טרף, פיראטים בדרך כלל מרימים דגל לבן כדי להזדהות; אם המטרה תסרב להיכנע, יורם דגל גולגולת ושחור לבן כאזהרה אחרונה; אם הטרף ימשיך להתנגד, יורם דגל אדום כדי להכריז על שחיטה ללא רחמים. רישומים מצביעים על כך שדגל פיראט שחור עשוי להעיד על השארת שלל כלשהו, בעוד שדגל פיראט אדום מסמל חוסר רחמים.
בתקופה המודרנית, כמה ציים מערביים מרימים דגלי פיראטים כאשר ספינותיהם חוצות לראשונה את קו המשווה, כ"מתיחה" או טקס מסורתי. בתרבות הפופולרית, הג'ולי רוג'ר, כסמל איקוני של פיראטים, היה חדור רוח של מרד וחדשנות. לדוגמה, בשנת 1983, צוות Apple Macintosh הניף דגל פיראטים תוצרת בית הכולל גולגולת לבנה ועצמות צולבות, רגליים משוכלות ולוגו צבעוני של אפל כדי לסמל "רוח פיראטים" ותרבות חדשנית ומרדנית.
